Calculer la consanguinité avec Pedigraph (mini tutoriel)

Avec la relative libéralisation de l’utilisation de la consanguinité dans l’élevage de rats domestiques français, ou du tout moins sa dédiabolisation (tâche à laquelle votre serviteur pense avoir raisonnablement contribué), le besoin de calculer des coefficients de consanguinité s’est considérablement accru.

Or, la méthode des chemins et la méthode tabulaire, c’est chouette pour comprendre ou pour calculer le coefficient de consanguinité de sa première portée consanguine, peut-être sa deuxième ou sa troisième, mais au bout d’un moment, il faut avouer que c’est laborieux (et de plus en plus vulnérable aux erreurs de calcul). Les outils en ligne (utilisables en remplissant des formulaires html dans son navigateur préféré) comme celui d’Andrzej Sobczyk sont très populaires parmi les rateries françaises. Pas de logiciel à installer, utilisation très intuitive, ça semblait parfait ! Sauf que… bah il faut tout retaper à chaque fois. Et quand on commence à entasser les générations (ou pire : les générations en suivant un schéma de type cyclique, ou ceux qui s’en inspirent, avec ou sans lien de courtoisie vers la maîtresse de céans), ça devient presque autant l’enfer que le faire à la main.

C’est ici que Super Cap’tain Artefact, sous la pression populaire, arrive avec sa cape et son ordinateur pour vous sauver, avec un petit programme très léger, rustique mais redoutablement efficace. Comme tout programme, il nécessite une petite prise en main, et c’est pour cette partie que je me fends d’un tutoriel, mais vous verrez, ensuite, c’est « que du bonheur », comme on dit (plus jamais besoin de retaper toute votre généalogie depuis zéro ! juré craché !)

Téléchargement et configuration

Le petit programme que je vous propose s’appelle Pedigraph et est distribué gratuitement par l’Université du Minnesota. Outre les calculs de coefficients de consanguinité, il sait aussi dessiner des pedigrees et faire plein d’autres choses chouettes, mais j’en resterai ici aux fonctions les plus simples. Il fonctionne, d’après leurs auteurs, sur Windows et Linux (donc normalement aussi sur MacOS depuis le passage au noyau Darwin). Je ne l’ai testé que sur Windows 7 et ce tutoriel est basé sur ce système.

Cette partie (téléchargement et configuration) ne sera à faire qu’une seule fois pour tout le restant de vos jours (ou presque).

Préalablement au téléchargement, je vous conseille de vous créer un dossier spécial pour les opérations suivantes, par exemple intitulé « Pedigraph » (mais c’est comme vous voulez), et de bien vous souvenir où il se trouve. Quelque part dans un sous-dossier de « Mes Documents » sous Windows est une bonne idée. Chez moi, c’est dans :

C:/Users/(mon nom)/Mes Documents/Personnel/Rats/Software/Pedigraph

Rendez-vous sur la page du programme : https://animalgene.umn.edu/pedigraph et défilez jusqu’en bas, au mot « download ».

Acceptez et dites-oui à tout ce qu’on vous demande (vous pouvez lire avant si ça vous angoisse, mais je vous promets que vous n’allez pas vendre votre âme à l’Université du Minnesota). Vous arrivez à la page de téléchargement. Faites un clic-droit sur « Pedigraph.zip » et choisissez « Enregistrer le lien sous… » dans le menu contextuel.

Naviguez dans vos dossiers jusqu’au bon endroit et enregistrez le fichier zip.

Dans l’explorateur de fichiers, allez dans votre dossier Pedigraph, où se trouve désormais le fichier pedigraph.zip. Décompressez-le en faisant un clic-droit et en choisissant « Extraire ici » dans votre menu contextuel. (J’utilise WinRAR, mais s’il n’est pas installé sur votre ordinateur, vous avez sans doute un programme équivalent comme WinZip.)

Un paquet de fichiers apparaissent dans le dossier, dont le programme Pedigraph à proprement parler, et des fichiers de configuration et d’outils utiles à son fonctionnement. Pour notre utilisation, nous allons avoir besoin de toucher au fichier « pedigraph.dat ». Double-cliquez sur ce fichier. A moins que vous n’ayez pas besoin de ce tutoriel, votre ordinateur semble ne pas savoir l’ouvrir. Pas de panique, c’est un bête fichier de texte, il suffit d’indiquer à votre ordinateur qu’il peut l’ouvrir avec un programme d’édition de texte quelconque (bloc-notes, wordpad, Microsoft Word, etc.). Si après avoir double-cliqué vous voyez le menu ci-dessous, choisissez l’option « Sélectionner un programme dans la liste des programmes installés » et cliquez sur « OK ».

Suivant l’état de votre ordinateur, le menu va vous proposer (ou pas) des programmes pour ouvrir le fichier. S’il vous le propose, je vous conseille de choisir WordPad (cf. ci-dessous). Si WordPad n’apparaît pas, cliquez sur « Parcourir » et naviguez dans votre ordinateur pour trouver l’exécutable de WordPad. Il se trouve normalement en suivant le chemin :

C:/Programmes/Windows NT/Accessoires/wordpad.exe

ou quelque chose de très similaire (au pire, faites une recherche dans la barre de recherche du menu démarrer ou à partir de l’explorateur de fichiers.) Dès que vous l’avez trouvé, sélectionnez-le, et vous devez aboutit à quelque chose qui ressemble à ça :

Cochez la case « Toujours utiliser ce programme pour ouvrir ce type de fichier », sauf si vous savez pourquoi vous ne le faites pas, et cliquez sur OK. Le fichier de configuration est maintenant ouvert dans WordPad. Surprise, rien d’ésotérique, c’est juste du texte. Cherchez la ligne :

#inbreeding #displays inbreeding coefficients in the pedigree

supprimez le # en début de ligne, enregistrez le fichier (avec le même nom et au même endroit) et refermez WordPad.

Pedigraph est configuré pour être utilisé.

Création du fichier de pedigree

Il va falloir maintenant entrer vos données généalogiques. La bonne nouvelle, c’est que vous n’aurez à le faire qu’une fois. Le fichier généalogique restera enregistré une fois pour toutes dans votre ordinateur, et vous n’aurez qu’à ajouter les nouvelles générations au fur et à mesure qu’elles naissent, à la suite de celles déjà saisies, au lieu de tout reprendre de zéro chez ce bon vieux Sobczyk (c’est pas beautiful ?).

Le fichier de pedigree est un simple fichier texte correspondant exactement au tableau de pedigree de la méthode tabulaire. Autrement dit, une liste de rats, avec pour chaque rat (correspondant à une ligne), la succession d’informations suivantes : identifiant unique du rat (par exemple son nom), identifiant unique du père de ce rat, identifiant unique de la mère de ce rat, sexe de ce rat (M ou F). Bien qu’il s’agisse d’un fichier de texte qui pourrait être saisi directement dans le bloc-notes, je trouve plus ergonomique de le faire à partir d’un fichier de tableur type Excel ou Open Office. Ici, j’ai utilisé Excel. (Si vous n’avez pas Excel sur votre ordinateur et ne souhaitez pas l’acquérir, pas de panique, vous trouverez en fin d’article une solution équivalente avec Open Office.)

Voici mon exemple de généalogie (avec des noms assez explicites) pour tester le programme. La première colonne contient les « noms » des rats, la deuxième les « noms » de leurs pères, la troisième les « noms » de leurs mères, et la quatrième leur étiquette de sexe. Le dernier individu est consanguin (issu d’une portée entre un frère et sa sœur), ce qui va me permettre de vérifier mon programme puisque je connais le résultat (25%). Ouvrez un nouveau fichier Excel et saisissez votre généalogie. Le caractère « 0 » (zéro) est employé pour les rats inconnus.

Attention, les identifiants de rats répondent à certaines règles sans lesquelles le programme ne fonctionne pas :

  • Tous les rats de la généalogie doivent avoir un identifiant différent. Si vous choisissez d’utiliser les noms usuels des rats, faites bien attention de ne pas avoir plusieurs rats portant le même nom (le saviez-tu ? il y a plus de 40 Guizmo sur le LORD !). Une solution est d’utiliser l’identifiant unique du LORD, par exemple XYZ12345M, mais le résultat sera moins facile à lire. A vous de trouver le système qui vous convient.
  • Les identifiants ne peuvent contenir que des chiffres et des lettres. Pas de caractères spéciaux comme – ou _ et en particulier, pas d’espace.
  • Les identifiants ne peuvent pas contenir de lettres accentuées et autres cédilles (programme américain, donc fait pour l’anglais et pas pour des langues exotiques avec des machins au-dessus et en-dessous comme nous autres fromages-qui-puent.) Le programme marchera quand même, mais elles ne s’afficheront pas sur le pedigree.

Donc par exemple, « Petite Fleur de Karité » deviendra naturellement PetiteFleurDeKarite pour éviter tout problème.

Une fois votre généalogie saisie, vous pouvez l’enregistrer. Je vous conseille de l’enregistrer d’abord au format classique proposé par Excel (donc xls ou xlsx suivant la version que vous utilisez), ce qui facilitera une réutilisation ultérieure (c’est le fichier excel que vous complèterez avec les générations futures). En revanche, Pedigraph ne comprend pas les fichiers Excel. Il faut donc enregistrer votre fichier en double dans un format qu’il sait lire. Pour cela, dans le menu fichier, choisissez « Enregistrer sous… », puis, dans le menu déroulant « Type », sélectionnez « Texte (DOS) (*.txt) » et enregistrez. Par simplicité, enregistrez vos fichiers dans le dossier même où se trouve le programme pedigraph.exe. Répondez « oui » à toutes les questions qu’Excel vous pose pendant le processus d’enregistrement.

Si vous ne disposez pas d’Excel, rendez-vous en fin d’article pour créer un fichier équivalent avec Open Office ou le Bloc-Notes.

Exécution de Pedigraph

Nous sommes désormais prêts à faire tourner Pedigraph et récupérer une image de notre pedigree avec les coefficients de consanguinité. Pedigraph est un programme qui fonctionne en ligne de commande, ce qui veut dire qu’il ne possède aucune interface graphique, ce qui est généralement le plus déroutant pour les personnes non habituées à ce type d’outils. Pas d’inquiétude, ce n’est pas difficile et je vais à nouveau vous expliquer tout ça.

Cliquez sur le bouton « Démarrer » (icône Windows) en bas à gauche de votre écran (ou ailleurs si vous l’avez déplacée à droite, petit galopin). Dans la barre « Rechercher les programmes et fichiers » qui apparaît juste au-dessus, tapez « cmd ». En haut du menu apparaît le programme « cmd.exe » : cliquez dessus pour le lancer.

Vous voilà presque dans les films (que ceux qui ont une petite larme en pensant à Wargames lèvent la main) : devant un terminal de commandes. Félicitations, vous êtes un geek. Le terminal se présente ainsi :

En premier lieu, nous allons devoir nous rendre dans le dossier où vous avez enregistré Pedigraph et votre fichier de généalogie. Nous allons utiliser pour cela la commande « cd ». Dans l’exemple ci-dessous, après « cd » et une espace, remplacez le chemin de « mon » dossier par le vôtre. C’est là que si vous avez eu envie de le mettre ailleurs que dans « Mes Documents », ça va être plus compliqué, d’où mon conseil initial de l’y placer. (Si vous êtes perdu, utilisez l’explorateur de fichiers pour vous « rendre » dans votre dossier. Dans la barre en haut, il vous indiquera le chemin de votre dossier, que vous n’aurez plus qu’à recopier en principe.)

Nous sommes au bon endroit, nous n’avons plus qu’à lancer le programme. Pour cela, nous allons taper la commande :

pedigraph.exe monfichier.txt

où bien sûr vous allez remplacer « monfichier.txt » par le nom que vous avez donné à votre fichier de généalogie. Pour ma part, il s’appelle monpedigree.txt dans cet exemple. Appuyez sur entrée.

Plein de choses s’affichent dans le terminal. C’est bon signe, ça veut dire que le programme tourne ! Si le blabla se termine par « Done », c’est que c’est bon. S’il apparaît quelque part un  gros « ERROR », ça veut dire qu’il y a un problème dans votre fichier de généalogie (un rat qui est son propre ancêtre par exemple – ne riez pas, ça arrive quand on ne fait pas gaffe, surtout aux noms donnés en double. Que les Daenerys et les Cersei aillent toutes en enfer.) Dans ce cas, il faut revenir à l’étape précédente et repointer votre fichier. Sinon, en fait, c’est… fini. 

Mais alors, il est où mon résultat ?!

Consultation du résultat

En fait, pedigraph a écrit le résultat dans le dossier où il se trouvait. Retournez-y donc : vous allez voir qu’un nouveau fichier est apparu, « output.ps ». C’est votre arbre généalogique. En l’absence d’instruction contraires, pedigraph l’a appelé « output » (sortie) et l’a fabriqué au format PostScript (ps) mais nous aurions pu spécifier autre chose dans le fichier de configuration : vous apprendrez à faire ça au fur et à mesure !

Dans l’immédiat, nous sommes donc devant notre résultat PostScript comme une poule devant un couteau. Il est fort possible que votre ordinateur ne sache pas non plus ouvrir les fichiers .ps pour l’instant (sauf si comme moi vous avez la chance d’avoir une licence pour Acrobar Distiller). A partir de là il y a plusieurs solutions :

  • téléchargez un programme capable de lire directement les fichiers ps (par exemple gsview)
  • utiliser un convertisseur ps vers pdf en ligne (par exemple celui-ci, mais on en trouve des kilomètres d’autres avec google)
  • si vous avez eu la bonne idée de ne pas fermer votre terminal, tapez simplement la commande :
    ps2pdf output.ps

    qui va automatiquement créer un fichier output.pdf dans votre dossier, fichier dont je subodore que vous savez les ouvrir. Attention, chez moi ça marche, mais je ne suis pas 100% certaine que ça fonctionne si vous n’avez jamais installé ghostview ou un autre programme qui contient l’exécutable ps2pdf, comme MikTeX par exemple. (Si vous ne comprenez rien à ce que je raconte, oubliez cette option.)

  • allez à la fin de cet article au paragraphe « utilisation avancée » pour éditer le fichier de configuration et produire directement un fichier jpg ou png en exécutant à nouveau pedigraph dans le terminal.

Et là, tadaaaaaam ! voilà notre arbre généalogique et nos coefficients de consanguinité.

Attention, il s’agit bien de coefficients (sans unité, entre 0 et 1) et non de taux (en %). Ici, on a bien 0,25 ce qui correspond à 25% – c’est bien le taux attendu pour un mariage frère-soeur. N’oubliez pas de multiplier par 100 pour l’exprimer en taux de consanguinité « classique ».

Oui mais moi j’ai pas Excel

Ce n’est pas grave ! Il vous reste des options pour utiliser Pedigraph quand même sans entrer dans l’illégalité. La première d’entre elle est d’utiliser Open Office (un « clone » libre de Microsoft Office). Si vous n’en disposez pas déjà, ça se télécharge et s’installe depuis le net (et c’est pratique). Le programme équivalent à Excel dans la suite Open Office s’appelle « Calc ». Lancez-le, et saisissez votre pedigree exactement de la même manière qu’expliqué ci-dessus pour Excel.

Il faut ensuite enregistrer. La petite subtilité ici est que Calc ne propose pas l’enregistrement direct en .txt. Il faut donc choisir le format .csv, tel qu’indiqué ci-dessous :

Lorsque vous choisissez ce type de fichier un nouveau menu s’ouvre pour spécifier les paramètres du csv. Choisissez « Unicode (UTF-8) » tout en bas du menu déroulant « Jeu de caractères », et « {Tab} » dans le menu déroulant « Séparateur de champ ». Ne touchez pas aux autres options, choisissez OK et terminez l’enregistrement.

Tout se passe ensuite exactement comme pour Excel, à l’exception du fait que lorsque vous appellerez pedigraph dans le terminal, il faudra bien remplacer .txt par .csv dans le nom de votre fichier.

Télécharger Open Office vous emmerde et vous n’en avez pas besoin ? Ce n’est pas un problème. Vous pouvez aussi taper votre généalogie dans le Bloc-Notes. Il suffit de prendre garde à utiliser le caractère « Tabulation » (touche Tab sur votre clavier, à droite au-dessus du verrouillage majuscules en général) pour séparer chaque colonne. C’est moins ergonomique (les « colonnes » ne sont plus alignées), mais ça marche. Enregistrez (au format txt, le Bloc-Notes ne propose pas autre chose) et roulez jeunesse.

Utilisation avancée

Ce tutoriel ne donne qu’un petit aperçu des fonctionnalités de Pedigraph. D’autres utilisations sont disponibles, comme par exemple ne dessiner que les descendants d’un rat donné, ou que ses ascendants, lister les ancêtres communs de deux rats… Tout ceci est expliqué dans la documentation, accessible depuis la page où vous avez téléchargé le .zip de départ. La plupart de ces utilisations impliquent d’éditer le fichier de configuration (pedigraph.dat) que vous pouvez lire pour deviner tout seul et expérimenter. On peut par exemple spécifier le nom du fichier de sortie (pour qu’il ne s’appelle pas à chaque fois « output »), régler des paramètres graphiques (ce qui explique que l’image de pedigree présente ici n’est peut-être pas exactement identique à la vôtre : j’ai édité mes paramètres graphiques et je ne me souvenais plus quelles étaient les valeurs de base), et en particulier, demander à pedigraph d’écrire un fichier jpg ou png plutôt qu’un fichier ps (ces deux formats pouvant être ouverts par le visualiseur d’images Windows par défaut, sans installation de programme supplémentaire), ou de ne pas dessiner l’arbre généalogique sous forme d’image et seulement écrire les coefficients de consanguinité de chaque rat dans un fichier texte.

Pedigraph a parfois quelques petits bugs étonnants (si on enlève les arrière-grands-parents dans mon exemple, il y a un truc qui ne marche plus ; après deux heures d’investigation, il semblerait qu’il y ait un problème spécifique lorsque deux rats ou plus n’ont pas d’ancêtres et ont un nom qui commence par la lettre G et sont les ancêtres communs d’un même rat… ça ne s’invente pas !). Mais globalement, c’est un programme léger, robuste, rapide, et qui ne fait pas d’erreur de calcul (tous les calculs sont exacts, sans troncature du nombre de générations, j’ai vérifié intensivement). Le petit bonus étant que si vous utilisez plus tard un programme de gestion d’élevage (Kintracks, BreedingAssistant, Pedscope…) il y a généralement des fonctions d’import-export en txt ou csv, donc vous n’aurez vraiment pas fait tout ça pour rien. C’est avec Pedigraph que j’ai calculé le taux de consanguinité moyen des rats du LORD (36000 rats traités en moins de 2 minutes !) et que je calcule actuellement les taux de consanguinité dans ma lignée…

sans tout retaper à chaque fois !!

Aussi, j’espère que cela pourra bénéficier au plus grand nombre !

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