L’outbreeding : élever en familles

Armés de nos définitions, nous voilà prêts à envisager de définir une stratégie pour mener notre élevage. En France, la stratégie majoritaire est indéniablement l’outbreeding ou élevage en familles, qui consiste à s’interdire le recours à des portées consanguines, et à essayer de faire les meilleurs croisements possibles à chaque génération, en fonction des informations disponibles sur les ascendants et les collatéraux (frères et sœurs, cousins, etc.) et des problèmes de santé qu’ils ont (ou pas) rencontrés. Il est de coutume d’identifier les forces et faiblesses des deux familles de chaque prétendant, et de s’assurer qu’ils ne présentent pas les mêmes faiblesses, au cas où ce serait génétique, pour ne pas les renforcer.

Mais qu’est-ce que cette stratégie implique réellement ? Est-ce que ça peut marcher, et si oui, comment ?

Un exemple de famille élevée sans consanguinité

Supposons que nous construisons pas-à-pas une famille par cette méthode, uniquement avec des croisements (par définition non consanguins), dans l’objectif d’obtenir une portée de quatrième génération, et que nous dessinons son arbre généalogique. La représentation est ici classique : chaque rat (mâle en bleu et femelle en rose) est produit par le mariage de son père et de sa mère, son père est produit par le mariage de son grand-père paternel et de sa grand-mère paternelle, etc. Le temps s’écoule de bas en haut (pas forcément à la même vitesse dans toutes les branches, si on ne reproduit pas tout le monde au même âge). Chaque rat est désigné, « codé » par trois caractères : une première lettre, M ou F, pour son sexe ; une deuxième, A, B, C, D… assimilable à l’affixe et transmise par la mère ; un chiffre, qui désigne le numéro de la génération. Par exemple, MD2 est un mâle de deuxième génération et dont l’affixe (le « nom de famille », transmis par la mère) est D.

L’arbre généalogique ascendant de notre portée de quatrième génération non consanguine, s’il est complet (parfaitement connu sans trous jusqu’à la quatrième génération), ressemble à cela :

arbreoutcross

Si vous avez de la chance, vous avez mis la main directement sur un raton qui a un arbre généalogique qui a cette allure et vous prévoyez de démarrer votre raterie avec lui. Ou alors, vous avez démarré de « rien » et vous avez construit vous-même tout cela. Un arbre aussi complet fait rêver, il faut avouer qu’on en croise pas tous les jours dans la rubrique « recherche pour saillie » de notre forum préféré. Il sera perçu comme un gage de qualité, de travail. Mais dans tous les cas, en supposant que vous en êtes arrivé à ce point, il y a plusieurs observations à faire sur ce schéma.

L’outbreeding est un entonnoir

D’abord, la « production » de cette portée de quatrième génération implique que j’aie démarré avec 16 rats (la génération zéro) n’appartenant pas à la même famille (non apparentés). Au fil de mon parcours, j’ai utilisé 16 rats, 8 de leurs enfants, 4 de leurs petits-enfants, 2 de leurs arrière-petits-enfants pour aboutir à ma quatrième génération, soit au total, 2+4+8+16 = 30 rats. Si je veux une génération de plus avec un pedigree sans trous, il va m’en falloir 62. Et pour une sixième, 126. Le nombre de rats dont j’ai « besoin » pour faire naître une génération de plus augmente comme les puissances de deux (à un petit décalage près, de deux unités). SI votre ambition est de démarrer « de zéro » et de faire naître quatre générations chez vous en accumulant de la généalogie, il va falloir démarrer fort, et faire beaucoup de portées.

Par ailleurs, le nombre de familles avec lesquelles je peux croiser mon reproducteur, lui, diminue à la même vitesse. Au début, sur la première ligne de l’arbre, j’avais 16 familles différentes (je suppose pour simplifier que sur la première ligne, et seulement sur la première ligne, les 16 rats ne sont pas de la même famille, même s’ils portent le même affixe). Je les ai mariées deux à deux, résultant dans 8 familles différentes. Ne pouvant plus marier un rat ni avec la famille de son père, ni avec la famille de sa mère (souvenons-nous que je refuse la consanguinité), je marie à nouveau mes huit familles deux à deux, et j’obtiens quatre familles (les familles B, D, F et H). À la génération suivante, je vais me retrouver avec deux familles, la famille D et la famille H, et pour finir, avec une seule famille. Mes rats de la portée de quatrième génération ne peuvent plus se marier avec aucun rat ni de la famille A, ni de la B, ni de la C… etc. jusqu’à la famille H. Le nombre de reproducteurs potentiels « interdits » pour le rat que je garde sur chacune de mes portées ne cesse d’augmenter.

Mais admettons donc que j’ai ma quatrième génération, ou même ma cinquième ou ma sixième, peu importe. Qu’est-ce que je fais ensuite ? Parmi les familles qui comportent autant de générations, la plupart sont déjà apparentées à la mienne. Donc j’ai le choix entre aller chercher un rat qui aura beaucoup moins de pedigree que le mien… ou faire de la consanguinité. Si j’ai réussi à faire quatre générations et à remplir mon arbre comme le précédent, je peux certainement marier mon rat de quatrième génération avec un rat descendant de la famille A, mais pas lié à toutes les autres (si quelqu’un d’autre s’est collé le même boulot que moi, avec 7 autres familles plus la famille A). La consanguinité sera très faible, et ma cinquième génération coûtera quand même 15 familles, beaucoup de portées, et l’espoir que d’autres rateries que moi aient fait du bon boulot. Ou alors, j’accepte d’avoir des généalogies un peu moins pleines, avec des rats ayant un peu moins de généalogies, des trous dans leur arbre, des inconnues.

L’outbreeding est donc, d’une certaine manière, un modèle insoutenable à long-terme, par l’explosion de l’effectif et l’impossibilité, au bout d’un certain moment, d’avoir autant de rats non apparentés et traçables. Il n’est soutenable que dans une population « infinie », c’est-à-dire suffisamment grande pour que je ne retombe pas de sitôt sur un cousin, grâce aux multiples brassages et générations qui vont séparer mes rats d’autres potentiels reproducteurs. Quand on travaille sur la population des rats domestiques « avec pedigree » disponibles dans la communauté d’amateurs, c’est assez peu probable. Et d’autant moins probable que l’on souhaite travailler sur un gène d’aspect en particulier : pour quelques gènes comme le RED ou le mock mink, il ne reste plus que quelques familles avec pedigree en France, et peut-être seulement quelques dizaines d’individus que j’ai une chance de trouver typiquement dans les circuits habituels des éleveurs amateurs fréquentant internet (voir par exemple le calcul de coin de table effectué dans cet article pour le RED).

Recul et suivi dans une famille de rats

Supposons quand même que l’on parvient à tourner un certain temps sans avoir à recourir à la consanguinité ou à des rats sans généalogie. Il existe un autre problème pour la sélection en outcrossing, celui de la « latence » (le délai) entre l’acquisition de l’information valable sur les ancêtres et le moment de la sélection des reproducteurs. Ne faire que des croisements non consanguins, c’est introduire des incertitudes à chaque étape sans jamais avoir le temps de savoir ce qu’on a entre les mains (en particulier parce que l’espérance de vie du rat est courte et que l’intervalle entre deux générations est donc très court). Les lignes bougent sans arrêt, sans avoir de possibilité de stabiliser les choses. Imaginons, dans l’arbre précédent, que je m’apprête à réaliser le mariage de MD3 avec FH3. Pour simplifier complètement, on va supposer que tout le monde est reproduit à 6 mois et que le temps de gestation est négligeable (oui, c’est bourrin, mais ça simplifie, et ça permet aussi de comprendre pourquoi on plaide souvent pour une reproduction tardive quand c’est possible). MD3 et FH3 ont six mois, leurs parents ont 12 mois : qu’ils soient en bonne santé, c’est normal (le contraire serait inquiétant). Leurs grands-parents ont 18 mois : ça commence à être un peu intéressant, mais ce n’est pas encore un âge très critique, si c’est une grosse catastrophe on le sait peut-être déjà, mais on ne sait pas encore comment ils vont vieillir, s’ils auront beaucoup de tumeurs, etc. La génération qui nous donne une information vraiment intéressante est celle des arrière-grands-parents : MA0, FA0, MB0, FB0 etc., qui arrivent à deux ans. Mais ces rats là ne vont contribuer chacun qu’à 6,25% du génome des petits à naître entre MD3 et FH3 ! Tout a été brassé et dilué, la sélection généalogique n’est alors pas extrêmement pertinente. Evidemment, on reproduit rarement les mâles à 6 mois, justement pour améliorer ce recul.

De l’entonnoir à l’accordéon

Alors, faire un bon élevage et de la sélection en outbreeding, est-ce peine perdue ? Non, mais il faut prendre conscience de ce que ça implique, et adapter l’ensemble de la méthode à ces contraintes pour qu’elle soit cohérente.

La sélection en outbreeding fonctionne si elle est déployée en accordéon : on reproduit beaucoup (et tard) ; quand le recul arrive, le temps ayant passé, on élague des branches, on garde les meilleurs, et on recommence (en les reproduisant beaucoup). Notre décision d’élaguer ou de ne pas élaguer repose sur des bases assez minces. Seul le nombre va nous aider à avancer, nous donner des chances de tirer des bons numéros.

Par accordéon, j’entends le type de schéma de sélection proposé par exemple dans cet excellent article de Ratlàlà. (Allez le lire ! vraiment ! tout de suite !). Pour les besoins de la cause, je reproduis ici le schéma que Nérolie et Pascual donnent en exemple :

selection_ratlala

Dans cet exemple, trois rats sont reproduits à chaque génération (phase d’élargissement de l’accordéon, représentée ici). Notez qu’il faut trouver des partenaires à ces rats. En fonction des retours (en vert les portées jugées « satisfaisantes », en jaune les « médiocres » et en rouge les « à problème »), on interdit totalement de reproduction les deux branches sur trois qui étaient les moins bonnes  (phase de rétrécissement de l’accordéon, pas représentée ici, mais expliquée dans le texte : imaginez simplement qu’on interdit de reproduction tout ce qui est rattaché aux branches où il y a « trop » de rouge ou de jaune). Et on recommence.

Compte-tenu des délais pour obtenir l’information et faire ses choix de sélection, cela implique quand même, partant d’un couple de départ, de faire 27 portées à la génération 3, pour pouvoir éliminer les branches de gauche et de droite et ne garder que la branche centrale (celle qui descend de la « portée du milieu » de la génération F1). Sauf que le temps qu’on sache que ces portées F3 sont bonnes ou médiocres, pour décider rétrospectivement de la meilleure portée de la génération F1, il a fallu continuer à les reproduire (pour ne pas passer à côté des bonnes), et être en capacité d’arrêter après toutes les très nombreuses portées qui étaient moins bonnes.

L’outbreeding, ça marche ! si…

Sur la base de toutes ces observations, on pourrait se dire que le modèle d’élevage sans consanguinité est une impasse. Ce serait sauter un peu vite aux conclusions, car si on prend acte des contraintes et des implications de ce modèle, on peut tout-à-fait faire une bonne sélection sans consanguinité, sous les conditions suivantes :

  • Le nombre : il faut faire beaucoup de portées, avoir beaucoup de rateries engagées dans la même démarche et prêtes à collaborer et s’échanger des reproducteurs ;
  • La patience : les retours sont longs à arriver et il faut suivre un grand nombre de portées pour savoir quelles étaient les bonnes branches et les mauvaises ;
  • La reproduction tardive : un reproducteur âgé, c’est un reproducteur qui sera à la fois proche génétiquement et source d’information pour la génération en cours de suivi, ce qui est indispensable pour évaluer les apports génétiques des ancêtres chez leurs descendants ;
  • Peu de limitations de reproduction : l’élevage sans consanguinité repose fondamentalement sur le principe de « on essaie plein de trucs, on gardera le meilleur », seul le temps nous dira quels étaient les meilleurs choix donc il faut avoir des choix et des comparaisons. L’existence de branches cousines très éloignées me permettra peut-être de faire occasionnellement une portée « presque pas consanguine » si le nombre de familles disponibles se réduit. N’autoriser qu’un seul ou deux rats à la reproduction dans une stratégie en outbreeding n’a pas de sens !
  • Une capacité à stopper les mauvaises branches : il n’y a pas de sélection si on n’arrête pas ce qui n’a pas donné de bons résultats. Et comme on a dû reproduire beaucoup, on sait à quel point il est difficile de convaincre des adoptants (et des adoptants d’adoptants avec qui on n’a jamais eu de contacts) de ne pas reproduire, ou de mettre un cadenas sur les portes pour éviter les « kinders » qui n’en sont pas toujours…
  • La création constante de nouvelles familles : pour éviter l’entonnoir, il faut s’assurer que l’on va continuer à trouver des familles non apparentés à celles existantes. Cela implique de revoir à la baisse ses exigences de généalogie, d’accepter le risque de reproduire des rats d’autres circuits (oui, même des rats d’animalerie peut-être… compte-tenu du mode de sélection en outcrossing, qui est fondamentalement rétrospective, la reproduction de rats ayant peu voire pas de généalogie est acceptable voire nécessaire… si elle s’inscrit dans une vraie stratégie de long-terme évidemment !), de se bouger pour aller chercher d’autres familles et d’autres sources génétiques (à l’étranger, en labo, tout est imaginable). Ça va introduire de l’incertitude, mais on n’a pas vraiment le choix, et c’est le suivi dans le temps qui nous dira si c’était une bonne idée ou pas.
  • La création de porteurs : si on veut travailler une couleur et qu’on ne fait que des portées d’homozygotes, le nombre de familles va se réduire, et on va se retrouver coincé. Pour éviter l’entonnoir, il faut penser à disséminer, étendre et renouveler la population porteuse du gène qui nous intéresse, ce qui implique d’accepter d’avoir des portées qui n’expriment pas la couleur que l’on veut travailler. (Vaut pour le poil, les oreilles, ou tout autre caractère à déterminisme génétique simple qui vous intéresse).

Il y a, à mon avis, un réel « travail » d’élevage et de sélection sans consanguinité si ces conditions sont remplies. Si on néglige ces aspects, l’entonnoir va nous conduire au pied du mur, à choisir entre la reproduction de plus en plus fréquente de rats sans généalogie (avec un fort risque de mettre à bas le travail patiemment accumulé, surtout si je n’ai pas assez disséminé pour assurer mes arrières, et sans compter le risque de ruiner ma belle réputation de raterie sérieuse), et une consanguinité qui n’aura été ni préparée ni anticipée, sur une base outcrossée donc par essence peu stable et peu prédictible.

Ces conditions ne sont pas simples à remplir, et plutôt exigeantes. Si l’on regarde un peu derrière nous, les rateries françaises qui l’ont mise en oeuvre (et qu’on retrouve presque toutes dans nos quelques familles ayant encore une généalogie très longue !) avaient énormément de rats, et faisaient beaucoup de portées. D’ailleurs, elles reproduisaient tard, et ne pratiquaient pas de limitation très stricte du nombre de reproducteurs par portée (c’était plus souvent de l’ordre de 4 ou 5 rats reproductibles par portée, au moins) et j’espère que vous comprenez maintenant pourquoi.

Si l’on n’est pas prêt à pratiquer cette logique sur le long-terme, on peut être logiquement tenté de remettre en question nos prémices : et au fait, pourquoi on s’est interdit la consanguinité ? et si on se l’autorise, est-ce que ce sera plus facile ? ou mieux ? C’est ce que nous verrons dans le troisième article de cette série !

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